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専門家では無いのですが、
SI住宅であれば、基本は構造躯体と内装間仕切り等を
分離した考えなので(自由に間仕切り部分を変更できるのが
売りかと)間仕切りをその時の家族構成に合わせて
変更しても、問題はないかなと思っています。
構造体、耐力壁などを壊してしまったりしたら、再度きちんと計算しないと耐震性能が維持出来ない可能性があるかと思いますが。

図面を見てないので、ざっくりとした返答になってしまいますが、SI住宅の場合基本的には構造躯体の柱が入っていないスケルトン部分であれば、
基本的には取り外しても耐震等級は変わらないように設計されているのではないかと思います。