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課題が二つありますね。
一つは、課税対象の建物の定義だと思います。
まず基礎によって予定している小屋が建築物か仮設建物かとの解釈は行政によって多少の見解の相違があります。経験上では、どのような方法であれ固定してあるものは建築物とみなされるケースが多いようです。場合によっては置いてある簡易な物置も建物と判断されるケースもかつてありました。確実ではありませんが仮設建物との判断であれば課税されないと思われますが、正確には課税対象の建物の定義がどうかと言うことと、建築基準法とリンクしているかどうかの詳細は行政の税務担当部署に確認する必要があるかと思います。
二つ目は、別棟になるか否かですが、基本的には母屋と小屋の建物の水平投影が重なっているかどうかで母屋の増築になるか別棟になるかの判断になるはずです。ただ、どの程度離れれば別棟になるかはこれも行政によって多少の見解の相違があるようですが。
したがって、まず課税対象になる建物の定義がどうかと言うことと、もし課税対象になったとしても3坪分の税金が別棟の方が安いのか母屋の増築の法が安いかの判断により小屋の基礎や配置を決定されたらいかがかと思います。
ズバリの回答にならず申し訳ありませんが、御参考にしてください。


【アトリエ慶野正司 一級建築士事務所】
「建物づくり」は「生活づくり」のコンセプトで設計活動をしています。私達の設計姿勢と作品、そして建築に関する情報を紹介しています。
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御返答ありがとうございます。

税務担当部署に問い合わせて確認を取り、最善の方法を探したいと思います。

簡単に考えていましたが、色々と解釈の仕方、法規があることを知り、勉強になりました。

お世話になりました。