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石頭さんへ
はじめまして。「旅館業」に関してわりと専門的に仕事をしていることもあり、簡単ではありますがコメントさせていただきます。

「旅館業法」
に関していえば、「旅館業」での申請・届出としたい場合には「5室以上」の部屋数が必要となりますので、保健所で話しをされた通りの内容となります。

「宿泊系の施設」
を営業する場合、「旅館業法」では4種類の形態が既定されていて(ホテル業・旅館業・簡易宿泊業・下宿業)それぞれ施設内容として必要要件が異なっています。

ちなみに部屋数でいえば「ホテル業」が「10室以上」。「旅館業」が「5室以上」となっているわけです。

基本的に「旅館業法」に関する詳細条件は、対象地域となっている都道府県ごとに内容が異なっていますので、かならず、計画対象地の旅館業法担当部署で確認することが必要となります。

>『料亭や料理やで1室だけ泊まれる部屋があります』

「法規制」を逃れるような形で対応しているもの(旅館業法に抵触しないような形で対応している)や実際は違法となっているものが多々ありますので、「実例」があるからといって、別の地域で「合法」に計画できるとは限らないのが『建築』の基本と考えておかれるといいかと思います。

わかり易い解説ありがとうございました。