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屋上でどのような工事が行われるのかによって
回答が異なります。

danさんの質問内容から想像しますと、
・床の水勾配(防水上の保護コンクリート打設)
・二重床
・屋上手摺
・笠木
・設備機械
・避雷針
などの工事が行われるのではないかと思いますが、
それぞれの工事によってレベル墨の目的が異なります。

また、レベル墨を出すというのは、
・レベル=水平であればよいのか
・どこからか基準高さが必要なのか
などによっても意味合いが変わってきます。

もう少し工事の詳細を教えて頂けましたら、
詳しくお応えできると思います。